Toby Fox desarrolló la totalidad del videojuego de manera independiente, incluyendo la escritura y composición de su música, con solamente ilustraciones adicionales creadas por otros artistas. Fue inspirado principalmente por las sagas de videojuegos de rol Mother y Mario & Luigi, la saga de videojuegos bullet hell Touhou Project, y la comedia británica Mr. Bean. Inicialmente tenía que contar con dos horas de duración y estaba previsto que se publicara a mediados de 2014, pero el desarrollo se retrasó en el transcurso de los próximos tres años.

Fue creado con la aplicación GameMaker: Studio, siendo publicado el 15 de septiembre de 2015 para Microsoft Windows y OS X, además de GNU/Linux el 17 de julio de 2016, a través de la plataforma Steam. Versiones porteadas para las plataformas PlayStation 4 y PlayStation Vita fueron lanzadas el 18 de agosto de 2017, el port para la consola Nintendo Switch fue lanzado el 18 de septiembre del 2018.
